ふるさと納税の確定申告のやり方｜e-Taxで簡単3ステップ
確定申告と聞くと「難しそう」と身構えてしまいますが、e-Tax（電子申告）を使えば自宅のパソコンやスマートフォンから手続きできます。ここでは、具体的な3ステップを解説します。
ステップ1：必要書類を準備する
確定申告に必要な書類は以下のとおりです。
- 寄附金受領証明書：寄付した自治体から届く証明書。紛失した場合は自治体に再発行を依頼できます。また、ふるさと納税サイト経由で寄付した場合は、各サイトが発行する「寄附金控除に関する証明書（XMLデータ）」を利用すると、複数の寄付をまとめて申告できるので便利です
- 源泉徴収票：勤務先から受け取る年間の収入・控除の証明書
- マイナンバーカード：e-Taxでの電子申告に必要
- 還付金受取用の口座情報：所得税の還付金を受け取る銀行口座
寄附金受領証明書は、寄付後2〜3週間で届くのが一般的です。届かない場合や紛失した場合は、寄付先の自治体に連絡すれば再発行してもらえます。確定申告シーズンに慌てないよう、届いたらすぐにファイリングしておきましょう。
ステップ2：e-Taxで申告書を作成する
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスし、画面の案内に沿って入力していきます。
e-Taxでの申告手順
- 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
- 「新規作成」を選択し、提出方法で「e-Tax（マイナンバーカード方式）」を選ぶ
- マイナンバーカードをICカードリーダーまたはスマートフォンで読み取る
- 源泉徴収票の内容を入力する
- 「寄附金控除」の項目で、寄付先の自治体名・寄付金額・寄付日を入力する
- 還付金額を確認し、送信する
給与所得者の方であれば、入力にかかる時間は30分〜1時間程度です。入力画面にはヘルプやガイドが表示されるので、初めてでも迷うことは少ないでしょう。
ステップ3：マイナポータル連携で自動入力
2026年の確定申告では、マイナポータル連携を活用するとさらに手続きが楽になります。
マイナポータルとe-Taxを連携させると、ふるさと納税の寄付情報が自動的に申告書に反映されます。手入力の手間がなくなるだけでなく、入力ミスの防止にもなります。
マイナポータル連携の設定手順
- マイナポータルにログインする
- 「もっとつながる」メニューから「e-Tax」を連携先に追加する
- ふるさと納税サイト（さとふる、ふるなび、楽天ふるさと納税など）との連携を設定する
- 確定申告書等作成コーナーで「マイナポータルから情報を取得」を選択する
連携が完了すると、寄付先の自治体名、寄付金額、寄付日が自動で入力されます。特にふるさと納税先が複数ある方にとっては、大幅な時間短縮になります。連携に対応しているふるさと納税サイトは年々増えているので、ご利用のサイトが対応しているか確認してみてください。
【要注意】確定申告するとワンストップ申請はすべて無効に
ふるさと納税の手続きで、最も注意すべきポイントがこれです。確定申告を行うと、すでに提出済みのワンストップ特例申請がすべて無効になります。
無効になるケースと対策
よくあるケースを具体的に見てみましょう。
たとえば、5つの自治体にふるさと納税をして、すべてワンストップ特例申請を済ませたとします。その後、医療費が高額になったため医療費控除を申請しようと確定申告を行いました。この場合、5件分のワンストップ申請はすべて無効になります。確定申告書にふるさと納税の寄付情報を記載しなかった場合、ふるさと納税の控除は一切受けられません。
対策は明確です。確定申告をする場合は、必ずすべてのふるさと納税の寄付情報を確定申告書に記載してください。ワンストップ特例申請を出していたかどうかに関係なく、確定申告書にすべての寄付を漏れなく記載することが重要です。
年の途中で「今年は確定申告が必要になりそうだ」とわかった場合は、ワンストップ特例申請を出す前に確定申告で対応する方針に切り替えましょう。すでに申請書を出してしまっていても問題ありません。確定申告ですべての寄付を申告すれば、正しく控除が受けられます。
2026年の確定申告スケジュールとチェックリスト
2025年分（2025年1月1日〜12月31日の所得）のふるさと納税に関する確定申告のスケジュールは以下のとおりです。
| 時期 | やるべきこと |
|---|---|
| 2025年12月31日まで | ふるさと納税の寄付を完了 |
| 2026年1月10日（必着） | ワンストップ特例申請書の提出期限 |
| 2026年1月〜 | 寄附金受領証明書が届く（届かない場合は自治体に連絡） |
| 2026年2月16日 | 確定申告期間の開始 |
| 2026年3月16日 | 確定申告期間の終了 |
| 2026年4月〜5月頃 | 所得税の還付金が口座に振り込まれる |
| 2026年6月〜 | 住民税から控除が反映される（住民税決定通知書で確認） |
なお、還付申告（税金が戻ってくるだけの申告）の場合は、2月16日より前でも1月1日から提出可能です。早めに済ませたい方は、1月中に手続きを始めるとよいでしょう。
確定申告前のチェックリスト
- 寄附金受領証明書がすべて揃っているか
- 源泉徴収票を受け取ったか
- マイナンバーカードの有効期限が切れていないか
- e-Taxの利用者識別番号を取得済みか（初回のみ）
- マイナポータルとの連携設定は完了しているか
- 還付金受取口座の情報を確認したか
- ワンストップ特例申請を出した寄付も、確定申告書に記載したか
よくある質問｜限度額超過・書類紛失・控除確認
上限額を超えた分は自己負担になります。ただし、超過分も「寄付」として扱われるため、返品や返金はできません。上限額ギリギリを攻めるよりも、8〜9割程度に抑えておくのが安全です。なお、超過分は税制上の控除対象外ですが、自治体からの返礼品はもらえます。
寄付先の自治体に連絡すれば、再発行してもらえます。再発行には2〜4週間かかることがあるので、確定申告期限に間に合うよう早めに手続きしましょう。また、ふるさと納税サイト経由で寄付した場合は、サイトが発行する「寄附金控除に関する証明書（XML）」を代わりに使うこともできます。マイナポータルから自動取得できるケースも増えているので、こちらも活用してください。
所得税の還付は、確定申告後1〜2カ月で指定口座に振り込まれます。住民税の控除は、毎年6月頃に届く「住民税決定通知書」の「税額控除額」の欄で確認できます。「寄附金税額控除」という項目に金額が記載されていれば、正しく控除されています。
ワンストップ特例申請の期限（翌年1月10日）を過ぎてしまった場合は、確定申告で対応しましょう。確定申告を行えば、ワンストップ特例を使わなくても控除を受けられます。
併用可能ですが、住宅ローン控除で所得税が大幅に軽減されている場合、ふるさと納税の控除上限額が下がることがあります。詳細シミュレーションで両方の控除を反映させて、正確な上限額を確認してください。
まとめ
ふるさと納税を最大限お得に活用するには、「控除上限額の把握」と「正しい手続き」の2つが欠かせません。控除上限額は年収・家族構成によって異なり、住民税所得割額の約20%が目安です。正確な金額はシミュレーションツールで確認し、上限の8〜9割に抑えて寄付するのが安全策です。
手続きはワンストップ特例制度と確定申告の2つがありますが、確定申告をするとワンストップ申請がすべて無効になる点には特に注意してください。e-Taxとマイナポータル連携を活用すれば、確定申告も自宅から30分〜1時間で完了します。
2025年分の確定申告期間は2026年2月16日〜3月16日です。寄附金受領証明書を手元に準備して、早めに手続きを済ませましょう。
